A reencarnação de Tenma de Pégaso, Seiya foi adotado pela Fundação Graadainda criança e depois de um tempo vivendo com outros órfãos e com a irritante e mimada neta do dono da Fundação,Saori Kido, que ele detestava. Após um tempo, Seiya é enviado para o Santuário de Atena, na Grécia para ser treinado como Cavaleiro. Sem saber, Seiya era um dos cem filhos do dono da fundação,Mitsumasa Kido, o qual lhe prometera que, se voltasse com a Armadura de Bronze de Pégaso, o reuniria novamente a sua irmã por parte de mãe, Seika, de quem fora separado traumaticamente. Depois de suportar o duro treinamento ministrado pela enigmática Amazona Marin de Águia, ele aprende os mistérios envolvendo a fonte de poder dos cavaleiros, o cosmo. Depois de derrotar 10 canditatos a cavaleiro, o último sendo seu rival Cassios, Seiya conquista a Armadura de Pégaso. A mestra de Cássius, a Amazona de Prata Shaina de Ofiúco, ameaça Seiya dizendo-lhe para deixar a armadura no santuário e fugir. Quando Seiya se recusa a desistir da armadura, ela tenta matá-lo e acaba tendo sua máscara arrancada por um dos ataques do cavaleiro de pégaso, sendo que este não sabia que se uma amazona for vista sem máscara ela deve escolher entre matar o homem que viu seu rosto ou amá-lo.
Guerra Galáctica e o ataque do Santuário
Adicionada por 
Adicionada por 
De volta ao Japão, Seiya reencontra Saori e lhe cobra a promessa feita por seu agora falecido avô. Mesmo depois de anos, os dois novamente se estranham, mas Seiya aceita participar da Guerra Galáctica, torneio reunindo os dez órfãos (dos 100 treinados por Mitsumasa Kido) que conseguiram retornar vivos com suas Armaduras, sob a condição de que ela o ajude a encontrar Seika. O primeiro oponente do jovem é Geki de Urso, e após uma dramatica batalha, Seiya vence o Cavaleiro. Em sua segunda luta no torneio, ele enfrenta Shiryu de Dragão. Após um combate mortal, Seiya vence após ver a falha no golpe Cólera do Dragão, acertando-lhe um soco que faz seu coração parar de bater. Mas, mesmo gravemente ferido, se levanta da maca para ressuscitá-lo com um golpe no lado oposto ao primeiro, o que reanima o coração do companheiro. A partir daí, Shiryu se tornaria seu mais fiel amigo, sempre disposto a se sacrificar por ele. O torneio é interrompido com a chegada de Ikki de Fênix, líder dos renegados Cavaleiros Negros. Fênix rouba a Armadura de Ouro de Sagitário a mando do Santuário.
Seiya, Shiryu, Shun de Andrômeda e Hyoga de Cisne são desafiados e enfrentam seu antigo colega e os Cavaleiros Negros Pégaso Negro, Dragão Negro, Cisne Negro e Andrômeda Negro, descobrindo os trágicos acontecimentos que tornaram Ikki tão cheio de ódio.
Estes acontecimentos fazem os cinco jovens se tornarem cada vez mais próximos vivenciando de perto o drama uns dos outros, enquanto descobrem que tudo foi um plano do pai deles, Mitsumasa Kido, para deter o mal que assola o Santuário onde Seiya foi treinado. O Santuário, por sua vez, interfere mandando um verdadeiro exército para liquidar os Cavaleiros de Bronze, inclusive conhecidos de Seiya como Marin, Shaina e Aioria de Leão. Durante as lutas, é revelado que tudo aconteceu porque Saori é na realidade a encarnação terrena da deusaAtena, entregue aos cuidados de Mitsumasa Kido por Aioros de Sagitário à beira da morte para que não fosse morta por Saga de Gêmeos, que matou e tomou o lugar do Grande Mestre do Santuário, Shion de Áries. Os cinco percebem que estão predestinados a proteger Saori.
No meio dos combates Seiya é enterrado vivo, quebra um braço, vê seu melhor amigo ficar cego, começa a desconfiar que Marin é sua irmã Seika, e descobre os verdadeiros sentimentos de Shaina, que simplesmente tentou matá-lo porque se julgava indigna de seu amor.
Batalha das Doze Casas
Saori decide então ir com seus cavaleiros até o santuário e destronar o falsoGrande Mestre. Lá chegando ela é ferida pelo ataque de Tremy de Sagita,Flechas Fantasmas, com uma flecha dourada, que poderia ser removida apenas pelo mestre do santuário e a mataria em 12 horas, o que faz com que Seiya, Shiryu, Hyoga, Shun e Ikki corram contra o tempo para salvá-la. Após mais batalhas mortais, os cinco despertam o Sétimo Sentido (a plenitude doCosmo) conseguindo momentaneamente lutar de igual para igual com osCavaleiros de Ouro e atravessando as Doze Casas do Zodíaco para desmascarar o Grande Mestre, o Cavaleiro de Ouro de Gêmeos, que desenvolveu uma dupla personalidade maligna. No caminho o Pégaso enfrentou ao lado de seus amigos os maiores inimigos, fraturou uma perna e assistiu ao sacrifício de Cássius, que morreu para salvá-lo porque amava Shaina, além de ver seus próprios companheiros caindo, um por um, para que ele pudesse salvar Atena.
Após derrubar Saga de Gêmeos, Seiya chega ao Escudo de Atena, atrás da morada do Grande Mestre, no topo das Doze Casas, e a luz do sol refletida no escudo faz com que a flecha e o ferimento de Saori desapareçam, e a jovem finalmente retoma o seu lugar de direito no Santuário. Entretanto, essa verdadeira guerra entre os Cavaleiros de Athena causou várias baixas, além de deixar Seiya, Shiryu, Shun e Hyoga em coma e Ikki desaparecido.
Poseidon
Aproveitando-se disso o deus dos mares,Poseidon, inimigo mitológico de Atena, resolve atacar. No anime ele domina a regente de Asgard, Hilda de Polaris, com o Anel de Nibelungo, com o objetivo de derreter os pólos e inundar a Terra. Já recuperados, o quinteto de bronze, com suas armaduras revividas pelo sangue dosCavaleiros de Ouro sobreviventes, vai até a gelada Asgard enfrentar os Guerreiros Deuses de Asgard. Porém, Poseidonsempre soube do resultado deste combate em favor dos Cavaleiros de Atena e, quando este chega ao fim e Hilda é libertada, os mares tragam Saori, sob suas ordens, para o seu Santuário Submarino.
Debaixo d'água, Saori descobre que Julian Solo, um antigo pretendente, era a reencarnação Poseidon e queria "limpar" Sekai da podre humanidade e refazer o mundo do zero. Ele a convida para juntar-se a ele, mas ela se recusa e é trancada no Pilar Central, que é inundado com toda a água que ele jogaria na Terra, adiando assim o fim da humanidade. Seiya, Shiryu Hyoga, Shun e Ikki mais uma vez vão salvá-la, e também ao mundo, derrubando os Sete Pilares dos Sete Mares com ajuda das Armas da Armadura de Libra e derrotando seus guardiões, os Generais Marinas. No meio do caminho eles descobrem que Poseidon estava sendo manipulado por Kanon de Cavalo Marinho, irmão gêmeo de Saga, que controlava Poseidon, mantendo-o semi-adormecido dentro do corpo de Julian Solo. Porém o decorrer dos combates faz com que o espírito do deus vá se despertando e se tornando cada vez mais poderoso. Juntos Seiya (usando a Armadura de Sagitário), Hyoga (usando aArmadura de Aquário) e Shiryu (usando a Armadura de Libra) o detêm momentaneamente, mas não conseguem destruir o Pilar Central onde Atena, confinada, está prestes a morrer afogada. Num ato de desespero para salvá-la Seiya pede que Shiryu e Hyoga o arremessem com seus golpes mais poderosos contra o Pilar. Diante dePoseidon, Seiya é atirado como uma bala humana de cabeça e coloca o último e mais poderoso Pilar abaixo. Consequentemente o Santuário Submarino de Poseidon começa a ser alagado pelas águas enquanto Seiya, cambaleante, carrega Saori dos destroços. E ela, usando a Ânfora de Atena, prende o espírito do deus dos mares, libertando Julian Solo e salvando seus cavaleiros da inundação.
Hades
Após algum tempo Hades, o deus dos mortos, desperta após 250 anos para suaGuerra Santa contra Atena. Ele ressucita alguns Cavaleiros da inimiga para, ao lado de seus espectros, invadirem o santuáriopara arrancar a cabeça da deusa. Após mais uma luta sangrenta nas Doze Casas,Saori se suicida, para desespero de Seiya. Logo ele e seus amigos descobrem, através de Shion de Áries, que os cavaleiros ressuscitados apenas tinham tentado avisar Atena sobre o Arayashiki, o Oitavo Sentido, que seria necessário para chegar vivo ao Mundo dos Mortos e enfrentar Hadespessoalmente.
Com sua curta ressurreição chegando ao fim e, antes de deixar morrer, Shion confia aos cavaleiros a Armadura de Atena, a qual ela precisará para enfrentar seu inimigo e revitaliza suas armaduras com o sangue da deusa. Seiya e seus amigos vão até o Castelo de Hades na Alemanha. E com ajuda de Dohko de Libra, (até então chamado de Mestre Ancião de Libra), eles despertam o Oitavo Sentido e descem literalmente até as profundezas do Inferno, que abrange uma grande parte do Mundo dos Mortos.
Seiya, ao lado de Shun, atravessa os domínios de Hades confrontando seus comandados em meio a cenários de dor e sofrimento, mas recebendo a valiosa ajuda de Kanon (que passara a servir Atena e adotara a Armadura de Gêmeos de seu irmão Saga) e Orfeu de Lira (Cavaleiro de Prata que havia deixado de servir Athena para reencontrar sua amada morta, mas fora enganado por Pandora). Com ajuda dele, Seiya e Shun pensam terem encontrado Hades, que tem a mesma aparência de Shun. É quando eles são atacados por Radamanthys de Wyvern, um dos Três Juízes. Em meio à confusão Orfeu morre e Seiya descobre que o verdadeiro Hades sempre esteve dentro de Shun desde que Pandora encontrou ele e Ikki ainda crianças. Seiya é levado para Cocyto, a Prisão de Gelo Infernal reservada aos que se viram contra os Deusesenquanto Ikki surge para ajudar o irmão, e Hades revela que realinhou os planetas do sistema solar para criar um eclipse que acabaria com a vida naTerra, transformando-a num mundo de trevas eternas similar a seu mundo. Ao contrário de Poseidon, que queria reiniciar a vida na Terra com uns poucos escolhidos, Hades queria que todos morressem pois odiava os humanos queAtena tanto defendia. Shun tenta controlar Hades para que Ikki possa matá-lo e deter o eclipse, mas Fênix não consegue sacrificar seu amado irmão e também é aprisionado e levado à Cocyto.
Após acordar enterrado até o pescoço no Inferno de Gelo de Cocyto, Seiya consegue sentir a aproximação de Saori, escoltada por Shaka de Virgem. Ela confronta Hades e liberta Shun, seguindo seu inimigo para além dos limites do Inferno, nos Campos Elíseos. Seiya consegue abrir caminho até onde Saori estava e reencontra Shun, libertado, e Shaka, mas descobre que para encontrar Athena era preciso atravessar o Muro das Lamentações. Isso é possível graças a união dos Cavaleiros de Ouro, vivos e mortos, que desaparecem usando suas últimas energias para que os Cavaleiros de Bronze cheguem até Atena. Seguindo a abertura feita no Muro eles atravessam uma dimensão inóspita protegidos pelo sangue de Atena em suas armaduras, enquanto atrás deles, os últimos Espectros vão caindo. Seiya é o primeiro a chegar aos Campos Elíseos, e encontra os deuses gêmeos Hypnos e Thanatos, respectivamente os Deuses da Morte e do Sono, que protegem o verdadeiro corpo de Hades. Hypnos revela que Saori estava presa num grande vaso que sugava todo seu sangue. Seiya tenta ir até lá e Thanatos luta com o Cavaleiro de Pégaso, destruindo sua armadura, além de tentar matar sua irmã Seika, que tinha acabado sSeiya sendo massacrado por Thanatos.
